Khủng hoảng tỵ nạn tái phát khởi đầu năm 2013 do chủ nghĩa khủng bố Hồi giáo cực đoan, đạt cực đại lên 745.545 người vào năm 2016, gần gấp đôi năm 1993, và giảm xuống đột ngột 207.157 người từ tháng 1-11.2017.

Nơi tiếp nhận đầu tiên. Thực hiện tại các trung tâm tiếp nhận, phân bố thuộc các tiểu bang. Nếu một người nhập cư không giấy tờ, trên đường đi cảnh sát bắt được, chỉ cần khẳng định mình muốn xin tỵ nạn là được đưa tới trung tâm tiếp nhận gần nhất. Trước đó, cảnh sát phải thực hiện các thủ tục nhận dạng, chụp ảnh, đo, lấy vân tay, hình dạng, tiếng nói, và các dấu hiệu đặc trưng cá nhân như vết sẹo, nốt ruồi, mầu mắt.

Phân bổ. Từ trung tâm tiếp nhận đầu tiên, người xin tỵ nạn được ở lại đó hay phân đi các nơi khác tùy sức chưá trung tâm đó và mức phân bổ quy định cho từng tiểu bang và điạ phương theo công thức được gọi là Königsteiner Schlüssel (hiệp định các tiểu bang ký từ năm 1949 tại thành phố Königsteiner). Theo đó, mỗi tiểu bang phải tiếp nhận tỵ nạn tỷ lệ tương đương với tỷ lệ thuế thu được và số dân tiểu bang đó tính trên toàn liên bang. Chẳng hạn, hiện tiểu bang Nordrhein-Westfallen phải tiếp nhận cao nhất 21,2%, trong khi tiểu bang Saarland chỉ 1,2%. Người xin tỵ nạn có quyền được kiến nghị phân bổ họ về nơi nhân thân họ đã được phân bổ trước đó.

Đệ đơn và tiêu chuẩn trợ cấp cơ bản. Tại trung tâm tiếp nhận đầu tiên, nơi được phân bổ tới, hoặc trực tiếp tới đó và được lưu lại, người xin tỵ nạn có thể đệ đơn xin tỵ nạn tại văn phòng BAMF đặt ở đó. Đồng thời thực hiện các thủ tục nhận dạng, nếu trước đó cảnh sát chưa làm. Các dữ liệu đăng ký tỵ nạn sẽ được cảnh sát hình sự kiểm tra độ chính xác và đối chiếu với hồ sơ tỵ nạn ở các nước EU xem đã đăng ký ở đó hay chưa. Từ 16 tuổi trở lên, sau khi đệ đơn sẽ được thẩm vấn có mặt phiên dịch, về lý do tỵ nạn, lý do bị theo dõi chính trị. Để được chấp nhận tị nạn, người đệ đơn phải chứng minh được đang bị truy sát, hoặc đang chạy trốn khỏi nơi nguy hiểm, và nếu quay trở về sẽ nguy hiểm đến tính mạng.

Sau khi đệ đơn, người xin tỵ nạn được lưu lại trung tâm tiếp nhận chờ xét duyệt, được cấp thực phẩm, quần áo và tiền tiêu vặt 131 Euro/tháng (hiệu lực từ 01.01.2017). Theo luật hiện hành, sau 3 tháng nếu chưa nhận được quyết định của BAMF, người đệ đơn được phân bổ cho các tiểu bang đưa về các điạ phương, tìm nhà ở hoặc đưa vào các căn hộ tập thể. Để trang trải cuộc sống, theo Bộ luật Xã hội SGB II tiêu chuẩn cơ bản áp dụng cho người đệ đơn xin tỵ nạn hoặc tạm dung đã lưu trú ở Đức ít nhất 15 tháng được ấn định:

Tiểu chuẩn dành cho người đệ đơn xin tỵ nạn có thời gian lưu trú ở Đức dưới 15 tháng:

Nếu đơn xin tỵ nạn bị từ chối, sẽ nhận được quyết định đòi rời khỏi nước Đức, người đệ đơn có quyền viện đến toà án hành chính chống lại. Nếu bị toà bác bỏ, người đệ đơn phải đối mặt với lệnh trục xuất, nếu không được cấp tạm dung. Trong quá trình chờ đợi xét duyệt có thể lên đến hàng tháng hoặc vài năm, người xin tị nạn có quyền đi làm sau thời hạn 9 tháng.

Luật thực thi tốt hơn trách nhiệm rời khỏi nước Đức Gesetz zur besseren Durchsetzung der Ausreisepflicht. Có hiệu lực từ ngày 29.07.2017, Luật được Thủ tướng Merkel cùng thủ hiến các tiểu bang thông qua ngày 09.02.2017. Đối tượng áp dụng chủ yếu là những người xin tỵ nạn có nguy cơ xâm phạm an ninh, tính mạng và cuộc sống người dân.

Theo đó, nhóm người này có thể dễ dàng bị bắt vào trại tạm giam, hoặc quản thúc trước khi trục xuất theo các biện pháp:

- Theo dõi và xác định nhân thân. Những trường hợp không thể trục xuất do thiếu dữ liệu nhân thân, có thể được áp dụng biện pháp gắn chíp điện tử vào chân. Đối với trường hợp nhập trại không có giấy tờ nhân thân, BAMF có quyền tịch thu Handy và các dụng cụ điện tử để xác định quốc tịch.

- Các tiểu bang có thể sắp xếp cho người nhập trại ở đó trong một thời hạn nhất định. Chỉ khi thấy có khả năng được ở lại sẽ phân bổ về các điạ phương, còn không có thể bị chờ trục xuất.

- Những người biết mình không thuộc diện phải về nước, có thể hồi hương tự nguyện. Họ được trợ cấp ban đầu. Nếu thuộc diện phải về nước nhưng không tự nguyện sẽ trục xuất bằng các biện pháp có thể có cho phép.

- Thời hạn bắt tạm giam chờ trục xuất nâng lên 10 ngày.